Han pasado muchos años desde que Link, el "Héroe del Tiempo", salvó a Hyrule de las garras del terrible Ganondorf. Estos sucesos han sido transmitidos de generación en generación en todas las razas que habitan Hyrule, hasta que ha llegado el día en que se convirtieron en una leyenda.

Hoy en día, los "portadores legendarios" (Link, Ganondorf y Zelda) ya no existen, y son pocos los que creen que alguna vez hayan existido. En Hyrule se respira paz, pero la Trifuerza del Poder, aún influenciada por la maldad del rey de las Gerudo, brilla con fuerza, buscando un nuevo amo, y es sólo cuestión de tiempo para que encuentre a su nuevo señor.